科学出版社期刊出版历史悠久，建社之初，即出版期刊35种。经过60年的发展，目前形成了由270种期刊组成的覆盖27个省市的科技期刊集群，被誉为中国科技期刊出版的“国家队”。这些期刊中有22种入选国家新闻出版广电总局2013年“百强科技期刊”；43种被SCI收录，占全国被收录总数的23%；42种被EI收录，占全国被收录总数的19%。
科学出版社的期刊业务分为三大板块，包括以北京中科期刊出版有限公司（下文简称中科期刊）和北京科爱森蓝文化传播有限公司（下文简称科爱公司）为代表的科技期刊集群出版与服务，以中国科学杂志社为代表的《中国科学》《科学通报》及《国家科学评论》等高端学术期刊出版，以科学世界杂志社为代表的《科学世界》等大众科普期刊出版。各板块之间既独立运营，又统筹协作，在总体目标和发展定位的指导下，专业协同，资源集中，持续发展。
科学出版社于2010年出资组建了中科期刊，专门从事科技期刊编辑出版、经营管理、编辑培训、期刊营销等业务，同时也成为“国家科技期刊出版基地”的运营主体。
为适应国际科技期刊出版数字化的发展趋势，自2007年以来，凯发K8一触即发先后完成了期刊协同编辑平台、DOI工作平台、中国科学院科技期刊开放获取平台等一批数字出版项目建设。
科爱公司是科学出版社与爱思唯尔出版集团注册成立的一家合资公司，原以图书业务为主。为适应全球出版市场的变化，于2013年7月进行调整。转型后的科爱公司致力于为中国的英文版科技期刊提供编辑出版服务，为科技期刊和科研机构提供评价与信息分析等相关业务，以搭建中国科技期刊“走出去”发展平台。
《中国科学》系列期刊与《科学通报》（以下简称“两刊”）由中国科学院和国家自然科学基金委员会共同主办，是我国学术期刊中的知名品牌。作为新中国科学发展的产物和见证，“两刊”为推动中国科学技术发展、促进国际学术交流，为我国科研人员在国际上占有一席之地，凯发K8一触即发作出了积极和重要的贡献，得到了国内外科技界的高度评价和重视。
“两刊”的出版单位《中国科学》杂志社是我国第一家转制的科技类学术期刊出版单位。
“两刊”曾连续三次获得国家期刊奖。2009年年底，被中国期刊协会评为“新中国60年有影响力的期刊”；2010年k8凯发，《科学通报》荣获第二届“中国出版政府奖”期刊奖；2013年，《科学通报》蝉联第三届“中国出版政府奖”期刊奖，并在同年与《中国科学：化学》（英文版）入选“百强科技期刊”。
2014年3月，一本全新的学术期刊National Science Review（NSR，《国家科学评论》）正式出版，这是科学出版社抓住时机，遵循期刊发展规律，紧跟学科发展动态，适时创办的中国第一份英文版综述性期刊。
科学出版社充分发挥综合品牌影响力，依托《科学世界》杂志社、科海新世纪书局等专业出版机构，出版了《科学世界》《中国国家旅游》《阿阿熊》《互联网周刊》等大众品牌期刊，提升在大众市场的知名度和美誉度，创建国内有较强市场影响和竞争力的规模化科普与大众期刊集群。2013年，《科学世界》荣获第三届“中国出版政府奖”期刊奖。
未来科学出版社的期刊事业，要建成一个以“两刊”和《国家科学评论》等为重点品牌，以《中国科学》杂志社和中科期刊公司为平台，具备高度生产集约化、平台数字化、营销市场化、交流国际化、人才专业化的中国科技期刊出版“旗舰”，引领中国科技期刊扬帆远洋，为中国科技期刊走向世界作出贡献。
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